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我校董扬教授团队和上海交大张才喜教授团队揭示了华中樱桃遗传多样性与花发育机制

本站消息 近日,董扬教授团队和上海交通大学张才喜教授团队在国际园艺学期刊《Molecular Horticulture》上联合发表了题为"Chromosome-level genome assembly provides insights into the genetic diversity, evolution, and flower development of Prunus conradinae"的研究论文。该研究首次完成了华中樱桃(Prunus conradinae)的高质量染色体水平基因组组装,为理解其遗传背景和花发育机制提供了新的视角。

华中樱桃(Prunus conradinae),作为蔷薇科李属樱亚属的木本植物,以其早春盛开的鲜艳花色和繁茂枝叶,在园林造景中备受青睐。同时,由于其高嫁接亲和性和良好的适应性,华中樱桃也是樱属植物砧木的重要选择,具有重要的经济和观赏价值。然而,由于缺乏基因组信息,对其遗传多样性和花发育调控机制的研究一直受限。

本研究中,团队成功组装了华中樱桃的基因组,注释得到了31,134个蛋白质编码基因,并发现基因组重复序列占46.23%,其中LTR-RTs是主要的重复单元。结构变异分析揭示了华中樱桃与其他樱属植物间的共线性片段,以及染色体倒位、易位等结构变异,展现了物种间的遗传多样性和复杂性。

此外,进化树分析显示,华中樱桃与钟花樱(Prunus campanulata)亲缘关系最近,大约在19.1百万年前发生分化。研究还发现华中樱桃经历了与蔷薇科其他物种共享的全基因组复制(WGD)事件,发生在约138.6百万年前。MADS-box基因家族的鉴定分析揭示了与开花时间和休眠调控相关的基因SVP的家族扩张,为研究华中樱桃的早花分子机制提供了新的线索。

上海交通大学纠松涛副研究员为该研究论文第一作者,张才喜教授和董扬教授为共同通讯作者。

原文链接:https://doi.org/10.1186/s43897-024-00101-7